Для решения данного вопроса необходимо изучить положения Конституции Российской Федерации и Федерального закона "О федеральной службе" (ФЗ № 79-ФЗ).
В соответствии с Конституцией РФ, принятой в 1993 году, Президент РФ является главой государства и руководит Федеральной службой. Он также назначает и освобождает от должности руководителей федеральных органов исполнительной власти. Кроме того, Президент РФ обладает полномочиями по управлению федеральными органами исполнительной власти.
Согласно Федеральному закону "О федеральной службе", вступившему в силу 1 января 2004 года, Федеральная служба должна быть составной частью системы федеральных органов исполнительной власти и подчиняться Президенту РФ.
Однако, в случае, когда указ Президента РФ об упразднении федеральной службы вступает в силу, но в Указе Президента РФ "О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти" не были внесены соответствующие изменения, возникает некоторая правовая неопределенность.
С одной стороны, вступление в силу указа об упразднении федеральной службы означает, что данный орган перестает существовать и теряет свои полномочия. Это может привести к неправомерному осуществлению своих функций сотрудниками этого органа, в том числе изданию нормативных правовых актов.
С другой стороны, полагается, что орган продолжает осуществлять свои полномочия до тех пор, пока не будет принято решение о его реорганизации или ликвидации и пока не вступит в силу соответствующий акт. Пока такого акта нет, орган способен выполнять свои функции и издавать нормативные правовые акты.
Однако, в случае противоречия указа об упразднении федеральной службы и Указа Президента РФ "О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти", действует первый документ (указ об упразднении), так как он является более поздним документом и принят после вступления в силу второго документа.
Таким образом, если указ Президента РФ об упразднении федеральной службы уже вступил в силу, но в Указе Президента РФ "О системе и структуре федеральных органов исполнительной власти" не были внесены соответствующие изменения, применяется указ об упразднении, и Федеральная служба теряет свои полномочия и не может издавать нормативные правовые акты.
В случае нарушения этого принципа, гражданин или организация, почувствовавшие нарушение своих прав или интересов из-за противоречия указов, могут обратиться в суд с соответствующими жалобами. Суд может принять решение о признании действий органа незаконными и принудить его прекратить свою деятельность.
Таким образом, в данной ситуации применяется основной принцип правовой системы — господство закона. Если закону противоречат другие нормативные акты, то применяется закон, а не эти акты. Поэтому, несмотря на то, что федеральная служба продолжает свою деятельность и издаёт нормативные акты, эти акты являются незаконными и не подлежат исполнению.