Второй сезон Тетради смерти начинается с Джастина, нового обладателя Смертной Тетради, который неожиданно становится целью Лайта Ягами. Когда Лайт пытается использовать Смертную Тетрадь, чтобы убить Джастина, он обнаруживает, что это невозможно. В его распоряжении есть только три строки текста в тетради, которые он может использовать каждый день. Лайт встречает Рюка и выясняет, что он должен победить Джастина, чтобы вернуть себе свою старую Смертную Тетрадь. Рюк объясняет Лайту, что Джастин не может быть убит обладателем Смертной Тетради, но может быть убит по другим причинам. Чтобы убить Джастина, Лайт начинает планировать сложную инсценировку настоящего самоубийства. Он разговаривает с Джастиным через интернет-чат и настраивает его на то, чтобы Джастин думал, что ему больше не осталось людей, которые его любят. Лайт распространяет слухи о том, что Джастин - гей, и устраивает так, чтобы люди перестали общаться с ним. Когда Джастина больше не остается, Лайт предлагает ему план, чтобы он совершил самоубийство и отдал ему свою Смертную Тетрадь. Джастин соглашается, и Лайт совершает видимое самоубийство Джастина. Отдав команду использовать свою тетрадь на следующий день, Лайт убивает Джастина через определенный период времени, чтобы сломить все следы. В середине серии Лайт узнает, что законы могут изменяться, и он внезапно обнаруживает, что может использовать свою новую Смертную Тетрадь, чтобы управлять событиями в реальности, а не только убивать людей. Он понимает, что теперь ему доступны новые опции для того, чтобы реализовать свои амбиции и получить большую власть. В конце серии Рюк говорит Лайту, что он находится под наблюдением Охотника на Смертных, и что это очень опасно. Однако, Лайт игнорирует предупреждение Рюка и продолжает использовать свою Смертную Тетрадь для своих целей. Сезон заканчивается сценой, в которой Лайт сталкивается с Охотником на Смертных, вступая в битву, на исходе которой должны решиться их судьбы.